Sommige mensen krijgen milde bijwerkingen na het innemen van de morning-afterpil, bijvoorbeeld misselijkheid, duizeligheid, hoofdpijn en spotting. Normaal verdwijnen die bijwerkingen snel. Jammer genoeg doen sommige bijwerkingen erg denken aan de eerste tekenen van een zwangerschap en kan het dus moeilijk zijn om ze van elkaar te onderscheiden. Als je menstruatie meer dan zeven dagen te laat is, doe dan een zwangerschapstest om uit te zoeken wat er aan de hand is.